水利工程是实现水资源合理调配与防洪蓄水的重要手段,而水文水资源管理工作也是水利工程建设的重要依据。以新疆昌吉地区为例,对水文水资源管理系统在昌吉水利工程中的应用进行研究,结果可知:昌吉地区现有水文水资源管理应用技术无法满足社会发展步伐,应采取有效措施,加强水文水资源管理技术,并对其进行创新,从而保证水文水资源管理的正常实施,保证应用的可行性与合理性。扩展水文水资源管理系统在昌吉水利工程建设工作中的发展,从整体工程收益角度实现昌吉地区水资源长期健康发展。